肠阻塞：因为兔子会持续地理毛，所以和猫一样，他们也会有毛球的问题。但不像猫，兔子不会呕吐把毛球吐出来，而吞下过多的毛球则可能会造成致命的肠道阻塞。如果兔子显示出食欲丧失、粪便的形状变小，最好去请教兔子兽医的意见。
　　预防：多帮兔子梳毛（减少被吞入体内的毛球）；提供足够的运动空间和时间，一个星期至少三十个小时；每天给予足够的新鲜干草；在日常饮食上逐渐增加新鲜蔬菜的量；在大量换毛期，或是吃下其他人工合成物时，喂食兔子化毛膏或通便剂。

　　肠道细菌的平衡： 兔子的消化道里，有着对他们健康有益的细菌。如果这种有益的细菌因为被不新鲜的食物，或是饮食的突然改变所扰乱，造成肠胃不适，那么有害的细菌便可以趁虚而入，甚至让兔子致命。
　　预防：把所有的兔子食物保存在干冷的地方，如果要换食物，也要慢慢来，先给一点点的新食物。如果二十四小时内肚子没有咕咕叫，或是拉肚子的现象，才可以再供应继续这种。如果兔子可以去户外走动，要随时注意它是否吃下撒了杀虫剂的植物，或是有毒的植物。

　　感染性的细菌：许多兔子疾病是由细菌所造成，并非病毒，一般可以用抗生素治疗。如果兔子有感冒的征兆，带它去给熟知抗生素用法的兽医看，因为用在兔子身上的抗生素必须非常小心。口服药，像是盘尼西林这类的抗生素，如Amoxicillin，不应该给兔子服用，因为它会摧毁兔子体内肠道的有益细菌。